Les 8 familles de données

Chaque échantillon dans IsoFind est accompagné de données organisées en huit familles distinctes. Cette structure n'est pas un choix de rangement arbitraire : elle reflète des réalités différentes du travail de géochimie isotopique et forensique, chacune avec ses sources, ses formats, ses règles de contrôle. Comprendre comment IsoFind répartit l'information entre ces huit vues est la première clé pour l'utiliser efficacement.

Les huit vues d'un échantillon

L'interface projet d'IsoFind présente chaque échantillon sous huit onglets accessibles en haut de la fiche. Passer d'une vue à l'autre se fait côté front via la fonction switchSampleView(view) qui active la vue correspondante et déclenche le chargement de ses données.

Isotopes (analytics)

La vue Isotopes regroupe les ratios isotopiques mesurés : δ¹³C, δ¹⁵N, δ³⁴S, δ¹⁸O, δ²H, δ¹²³Sb, δ⁸⁷Sr et les autres systèmes supportés. Chaque mesure porte son ratio sous forme de chaîne (exemple 13C/12C), sa notation standard (exemple δ-13C), son échelle de référence (VPDB, VSMOW, AIR, etc.), l'incertitude et la méthode qui a produit la mesure.

Cette vue est le cœur historique d'IsoFind. Elle alimente tous les modules aval : carte, visualisation 3D, correspondances Nexus, rapports. Une fiche d'échantillon sans isotope est détectée par la vue Qualité comme incomplète.

Méthodes (methods)

La vue Méthodes décrit la traçabilité analytique des mesures : instrument utilisé, standard de référence, matrice analysée, protocole d'extraction, laboratoire émetteur. Cette famille existe parce que deux mesures en apparence identiques sur le même échantillon peuvent venir de méthodes différentes et porter des incertitudes et des biais distincts. La rigueur de l'interprétation oblige à les distinguer.

Purification (purification)

La vue Purification suit le workflow de préparation de l'échantillon avant l'analyse. Elle utilise quatre étapes normalisées qui couvrent l'essentiel des parcours de laboratoire, avec persistance locale via la clé isofind_workflow_stages.

Chaque échantillon porte également un rendement de purification, affiché sous forme de badge qualitatif : Excellent, Bon, Moyen, Faible, Contamination, Non saisi. Ce rendement influence la confiance accordée à la mesure isotopique en aval : un rendement faible peut signaler un fractionnement parasite lors de la purification, qui biaise la valeur δ finale.

Notes (notes)

La vue Notes est le seul espace entièrement libre du module échantillons. Elle permet de stocker des observations contextuelles qui ne rentrent dans aucune des autres vues : conditions de prélèvement inhabituelles, remarques de terrain, rappels internes, liens vers d'autres projets. Les notes sont horodatées et peuvent être multiples par échantillon.

L'usage standard est d'y inscrire tout ce qu'un collègue aurait besoin de savoir pour reproduire, contester ou prolonger le travail. Une note bien tenue rend un projet transmissible plusieurs années après sa clôture, ce qui est essentiel dans le contexte forensique où un dossier peut ressurgir bien après sa conclusion initiale.

Qualité (quality)

La vue Qualité est générée automatiquement : elle ne stocke rien en propre, mais scanne les autres familles et signale les anomalies. Cinq catégories de problèmes sont détectées.

Chaque problème détecté est accompagné d'un bouton Corriger qui ouvre directement le formulaire adapté. La vue Qualité offre aussi la possibilité de masquer un échantillon signalé (persistance locale via isofind_quality_ignored_samples) quand le problème est connu et accepté.

Géochimie (geochem)

La vue Géochimie regroupe les concentrations élémentaires mesurées : majeurs (Ca, Mg, Na, K, Fe, Mn, Al, Si), traces (As, Sb, Pb, Cd, Cr, U, Se...), oxydes, rapports classiques. Chaque mesure porte son élément, sa valeur, l'unité native, la valeur normalisée en mg/kg, l'incertitude et la méthode utilisée. Les données sont saisies manuellement, importées en CSV ou générées par une réanalyse du catalogue.

Cette vue est distincte de la vue Molécules : les inorganiques (majeurs, traces, oxyanions) vivent ici, les polluants organiques vivent dans Molécules. Cette distinction reflète la séparation métier dans la pratique des laboratoires d'analyses environnementales.

Molécules (molecules)

La vue Molécules gère les 156 molécules du catalogue de référence IsoFind (pesticides, PFAS, HAP, solvants chlorés, médicaments, explosifs, PCB, cyanures, perchlorates, dioxines). Chaque mesure porte la molécule (avec lien vers le catalogue), la valeur et son unité native, la valeur normalisée en µg/L, la transition m/z utilisée, la méthode, le laboratoire, la matrice et un indicateur de conformité au seuil réglementaire calculé automatiquement.

Cette vue est activement couplée au moteur de simulation et au bridge CSIA : les voies de dégradation, les fractionnements isotopiques et les métabolites attendus sont tous accessibles depuis ici via les endpoints /api/molecules/*. La vue Molécules est donc à la fois un stockage de données et un point d'accès au moteur géochimique.

Profils verticaux (depth-profiles)

La vue Profils verticaux est une vue dérivée : elle recompose les mesures des autres vues selon une variable commune, la profondeur d'échantillonnage. Elle suit strictement la convention forage où 0 correspond à la surface et les profondeurs augmentent vers le bas. Les données sont groupées en quatre catégories affichées dans des sous-graphiques séparés.

L'intérêt de cette vue est de révéler des stratifications verticales : front redox, panaches stratifiés, alternances lithologiques visibles dans les variations de concentrations. Un échantillon sans profondeur renseignée est exclu de cette vue, ce qui est cohérent avec la convention : sans profondeur, le profil n'existe pas.

Articulation entre les familles

Les huit familles ne sont pas indépendantes : elles s'articulent entre elles via des relations claires. La vue Qualité lit les autres vues, la vue Profils verticaux recompose celles des vues qui portent une profondeur, la vue Molécules active le bridge CSIA qui dialogue avec le moteur de simulation, la vue Isotopes alimente le matching Nexus. Cette articulation est ce qui fait d'IsoFind un environnement cohérent plutôt qu'une collection de modules indépendants.

Pour aller plus loin

• Module Géochimie moléculaire : détail de la vue Molécules et des 11 familles de polluants.
• Profils verticaux : usages et interprétation de la vue depth-profiles.
• Isotopie CSIA : couplage entre la vue Molécules et le bridge Nexus.
• Blocs de rapport : comment les huit familles alimentent les blocs PDF.