Exporter ses données

IsoFind propose plusieurs méthodes d'export selon vos besoins : extraction rapide en CSV pour un usage tableur, export configurable avec filtres, et format .isof pour les échanges scientifiques certifiés avec traçabilité analytique complète.

Les exports sont déposés par défaut dans le dossier Téléchargements du système. Ce comportement garantit un accès restreint au système de fichiers et évite les écrasements accidentels dans les répertoires de travail.

Export CSV rapide

La méthode la plus directe pour récupérer un lot de données sans filtrage spécifique.

Données Gérer les échantillons
Interface d'exportation par lot Figure 1 : Interface d'exportation par lot avec sélection multiple.

Sélectionner les lignes souhaitées puis cliquer sur Export sélection. Le logiciel génère instantanément un fichier CSV contenant l'intégralité des champs de la base pour les échantillons choisis.

Export CSV avancé

Pour des besoins plus spécifiques, l'onglet Base de données donne accès à un moteur d'exportation configurable.

Table principale avec accès à l'export avancé Figure 2 : Accès au module d'export avancé depuis la table principale.
Fenêtre de configuration de l'export avancé Figure 3 : Configuration des paramètres d'export avancé.

L'export avancé offre trois options complémentaires :

  • Sélection de colonnes : choisir précisément quels champs (métadonnées, ratios, incertitudes) inclure ou exclure du fichier de sortie.
  • Filtre de qualité : exclusion automatique des échantillons marqués comme non exploitables par le moteur d'analyse.
  • Raccourcis par lot : sélection immédiate de tous les échantillons liés à un projet ou à un élément chimique particulier.

Export .isof rapide

Le format .isof est le standard natif d'IsoFind pour l'échange de données à haute valeur ajoutée. Contrairement au CSV, il encapsule l'intégralité du contexte scientifique : rendements de purification, méthodes analytiques et protocoles appliqués.

Certificats Exporter .isof
Interface de configuration de l'export ISOF Figure 4 : Interface de configuration de l'export .isof.

Renseigner votre identité, votre laboratoire et la référence du projet. Ces informations alimentent la signature numérique du document.

Niveaux de signature et de chiffrement

NiveauDescription
Niveau 0 Non signé : export brut pour échange interne ou usage personnel. Contient les données et métadonnées analytiques, mais sans garantie d'intégrité ni d'origine. Format disponible dans IsoFind Lite et toutes les éditions. Compatible avec les outils open-source isof sur PyPI.
Niveau 1 Intégrité : protège le fichier contre toute modification post-création via un hash SHA-256 embarqué. Le destinataire est alerté immédiatement si les données ont été altérées.
Niveau 2 Authenticité : signature ECDSA P-256 via la PKI IsoFind à trois niveaux (Root CA, Issuing CA, certificat laboratoire). Atteste officiellement de l'origine des analyses et empêche toute usurpation de propriété intellectuelle. Requiert un certificat de laboratoire activé.
Chiffrement Confidentialité : chiffrement asymétrique pour un destinataire précis (applicable au-dessus du niveau 1 ou 2). Seul le destinataire désigné peut déchiffrer le contenu via sa clé privée.
Le niveau 0 est la passerelle entre IsoFind et l'écosystème open-source. Un fichier .isof de niveau 0 reste lisible par n'importe quel outil tiers implémentant le standard ISOF, y compris le package Python isof (PyPI). Privilégier le niveau 1 ou 2 dès qu'une garantie de provenance est requise.

Pour plus de détails sur les mécanismes cryptographiques, voir la page Signatures numériques.

Chiffrement et gestion du trousseau de clés

Pour chiffrer un export pour un destinataire précis, déverrouiller le trousseau de clés (Keyring) depuis la fenêtre d'export, puis sélectionner le contact dans la liste de confiance. Le fichier sera chiffré avec la clé publique du destinataire : seul lui pourra le déchiffrer.

Paramétrage avant déverrouillage du Keyring
Figure 5 : Paramétrage avant déverrouillage du trousseau.
Sélection du destinataire via le Keyring déverrouillé
Figure 6 : Sélection du destinataire après déverrouillage.

Export .isof configurable

Pour les échanges scientifiques avancés, IsoFind propose un export .isof avec contrôle granulaire sur les données incluses. Ce mode permet d'embarquer l'intégralité du contexte analytique : méthodes, pipelines et étapes de purification liés à chaque échantillon.

Données Gérer les échantillons Exporter ISOF
Accès au module d'export ISOF depuis la gestion des échantillons Figure 7 : Accès au module d'export .isof configurable.
Sélection des entités à inclure dans l'export
Figure 8 : Sélection des entités et signatures à inclure.
Prévisualisation structurelle de l'export .isof
Figure 9 : Prévisualisation des pipelines et méthodes liés aux échantillons.

L'écran de prévisualisation (Figure 9) permet de vérifier la cohérence des données avant génération du fichier. Les méthodes de fractionnement et les étapes de purification apparaissent explicitement liées à chaque échantillon, rendant le fichier produit auditable de bout en bout par le destinataire.

Un fichier exporté en mode configurable constitue un passeport analytique complet. Le destinataire peut auditer chaque étape du cycle de vie de l'échantillon, depuis la collecte jusqu'à la signature finale, sans dépendre d'IsoFind pour reconstituer le contexte.

Export des nouvelles familles de données

IsoFind v1.2 introduit de nouvelles familles de mesures non isotopiques qui s'exportent selon les mêmes règles que les données d'échantillons. Chaque famille est stockée dans une table dédiée (sample_geochem, sample_molecules, sample_physicochemistry) et peut être extraite indépendamment ou conjointement aux données isotopiques.

Famille Contenu exporté Formats disponibles
Géochimie inorganique Concentrations élémentaires normalisées (mg/kg), valeurs d'origine, unités, méthode analytique, profondeur. CSV, ISOF
Moléculaire organique Concentrations moléculaires (PFAS, pesticides, HAP, solvants), LOD, LOQ, flag de détection, conformité réglementaire, seuils de référence. CSV, ISOF
Physico-chimie pH, Eh, pe, température, conductivité, oxygène dissous, force ionique, alcalinité, TOC, turbidité, salinité, avec incertitudes et méthode. CSV, ISOF
Profils verticaux Ensemble des mesures des quatre catégories (physico-chimie, géochimie, molécules, isotopes) triées par profondeur pour un échantillon multi-niveaux. CSV, PDF

Export d'un profil vertical

Depuis la fiche d'un échantillon disposant de mesures multi-profondeurs, l'onglet Profils verticaux donne accès à un export dédié qui produit un CSV trié par profondeur avec une colonne par paramètre observé.

Données Gérer les échantillons Fiche échantillon Profils verticaux Exporter

L'export d'un profil vertical inclut la convention forage utilisée en interne : profondeur en mètres positive vers le bas, surface à zéro. Cette convention est explicitement mentionnée dans l'en-tête du CSV pour éviter toute ambiguïté chez le destinataire.

Pour un rapport forensique ou géologique complet, exporter en PDF depuis la page Profils verticaux. Le PDF embarque les graphiques de chaque paramètre en fonction de la profondeur, avec l'échelle inversée conforme à la représentation classique des logs de forage.

Export combiné toutes familles

Le mode d'export ISOF configurable permet de sélectionner simultanément plusieurs familles de données pour un même échantillon. La structure du fichier produit isole chaque famille dans un bloc distinct, tout en conservant les clés étrangères vers l'échantillon parent. Le destinataire peut ainsi reconstruire la totalité du contexte analytique sans ambiguïté.

Exports programmatiques via l'API

Pour automatiser l'extraction de données dans un pipeline scripté (contrôle qualité périodique, export vers un SI tiers, génération de rapports batch), IsoFind expose les mêmes fonctions d'export via son API REST locale.

L'API locale d'IsoFind est exclusivement accessible sur localhost. Le middleware AirGapMiddleware empêche toute exposition sur le réseau, y compris si un port était accidentellement ouvert. Aucun appel distant à ces endpoints n'est possible.
Endpoint Usage
GET /api/samples/export/csv Export CSV de tous les échantillons ou d'une sélection passée en paramètre de requête.
GET /api/samples/{id}/export/isof Export ISOF d'un échantillon unique avec contexte analytique complet (méthodes, pipelines, rendements).
POST /api/samples/export/isof Export ISOF multi-échantillons avec paramètres de signature et de chiffrement dans le corps JSON.
GET /api/samples/{id}/depth-profile Export JSON du profil vertical d'un échantillon (toutes familles, triées par profondeur). Convertible en CSV côté client.
GET /api/database/backup Téléchargement direct d'une copie de la base SQLite entière (voir page Sauvegarder).

Les endpoints d'export ISOF acceptent les mêmes paramètres que l'interface graphique : niveau de signature (0 / 1 / 2), destinataire de chiffrement, sélection des entités liées (méthodes, pipelines, CRM). La documentation complète est disponible dans la section API IsoFind.

Formats d'export disponibles

Récapitulatif des formats supportés par IsoFind, leur périmètre d'usage et leur compatibilité avec les outils tiers.

Format Contenu Usage typique Compatibilité
CSV Tableau texte à colonnes séparées par virgule, UTF-8, BOM optionnel. Analyse tableur, import SI tiers, inspection rapide. Universelle : Excel, LibreOffice, pandas, R, outils BI.
Excel (.xlsx) Classeur multi-feuilles avec une feuille par famille de données. Rapport interne, partage interservices, mise en forme conditionnelle. Microsoft Excel, LibreOffice Calc, Google Sheets.
ISOF (.isof) Conteneur signé contenant données, métadonnées, méthodes, pipelines, standards, signatures PKI. Échange inter-laboratoires, archivage pérenne, passeport analytique forensique. IsoFind natif, package Python isof open-source sur PyPI.
PDF Rapport mis en forme avec tableaux, graphiques et interprétations textuelles. Livrables clients, publications, dossiers réglementaires. Tout lecteur PDF standard.

Bonnes pratiques d'export

Le choix du format et le moment de l'export influencent directement la valeur scientifique et juridique des données transmises. Les recommandations suivantes couvrent les cas d'usage les plus fréquents rencontrés par les utilisateurs.

Quand choisir CSV plutôt qu'ISOF

Le CSV convient lorsque la finalité est l'analyse tableur, le traitement statistique ou l'import dans un système d'information tiers. Il est léger, lisible par tout outil, et permet une inspection visuelle immédiate. En revanche, il perd tout le contexte scientifique (méthodes, rendements, signatures).

Le format ISOF s'impose pour tout échange où l'auditabilité compte : envoi à un laboratoire partenaire, transmission judiciaire, archivage long terme, publication de données accompagnant un article scientifique. Le fichier produit reste exploitable seul, sans documentation annexe.

Export avant opérations de masse

Avant toute opération modifiant plusieurs échantillons en une seule passe, générer un export CSV complet ou une sauvegarde ISOF de l'état courant. Ces opérations incluent la normalisation globale, la correction d'un standard de référence, l'import d'un gros lot externe, ou la suppression d'un projet entier. L'export préalable constitue le point de retour en cas de résultat inattendu.

Conservation hors poste

Ne jamais conserver les exports sensibles uniquement sur le poste IsoFind. Un incident matériel affecte les exports et la base active simultanément. Déposer les exports sur un support indépendant (serveur réseau, stockage chiffré, sauvegarde cloud via la page Sauvegarder) dès leur production.

Chiffrement pour données sensibles

Pour tout export destiné à sortir du périmètre de confiance initial (envoi par mail, dépôt sur un cloud tiers, transmission hors juridiction), activer le chiffrement asymétrique de l'ISOF. La clé publique du destinataire doit avoir été préalablement importée dans le trousseau. Un fichier chiffré ne peut être ouvert que par son destinataire désigné, quelle que soit la chaîne de transmission.

Traçabilité des exports produits

Les exports ISOF signés portent une empreinte temporelle et une identité de laboratoire qui alimentent l'audit trail d'IsoFind. Un registre interne des exports produits (qui, quand, pour qui) est journalisé via analysis_history et reste consultable, même après suppression des échantillons source. Cette traçabilité est un requis implicite des usages forensiques et de défense.

Pour un rapport qui sera utilisé comme pièce technique dans un dossier judiciaire ou réglementaire, combiner ISOF niveau 2 (signé laboratoire) avec chiffrement pour le destinataire désigné. Le rapport produit est à la fois authentique, intègre, et confidentiel. C'est la configuration recommandée pour les usages à forts enjeux.