Workflow

Cette page décrit la gestion des sessions de travail dans le Nexus : le système d'onglets multi-workflow, la persistance automatique, la sauvegarde en base de données, l'export et le partage au format .isofind, et l'exécution des workflows.

Le système d'onglets

Le Nexus permet de travailler sur plusieurs workflows simultanément grâce à un système d'onglets. Chaque onglet possède son propre canvas, ses propres cartes, ses propres connexions et son propre historique d'annulation. Les onglets sont indépendants les uns des autres.

Figure 1 : Barre d'onglets avec plusieurs workflows ouverts simultanément.

Créer un nouvel onglet

Un nouvel onglet vide s'ouvre via le menu Nexus :

Ou en cliquant directement sur l'onget "+" dans la barre supérieure.

Il est également possible de partir d'un template préconfiguré plutôt que d'un canvas vide :

Les quatre templates disponibles (Drainage minier acide, Raffinage industriel, Altération naturelle, Évaporation) chargent un workflow entier avec des cartes pré-paramétrées et des connexions déjà établies dans un nouvel onglet. L'option Workflow personnalisé ouvre une fenêtre permettant de nommer l'onglet et de partir d'un canvas vide.

Naviguer entre les onglets

Un clic sur un onglet l'active et bascule le canvas, les panneaux et le contexte de calcul sur ce workflow. Le nom d'un onglet est modifiable par double-clic sur son libellé dans la barre d'onglets. Les noms sont tronqués à 28 caractères dans la barre.

La croix sur chaque onglet le ferme. Le contenu est perdu si l'onglet n'a pas été sauvegardé. Il n'y a pas de limite au nombre d'onglets simultanés.

Persistance automatique de session

Le Nexus sauvegarde automatiquement l'état de tous les onglets ouverts dans le stockage local du navigateur. Cette persistance de session fonctionne en continu en arrière-plan, sans action manuelle.

Au prochain démarrage du Nexus, tous les onglets de la session précédente sont restaurés automatiquement avec leur contenu exact (cartes, connexions, positions) et l'onglet actif au moment de la fermeture est remis en premier plan, mais les modles ML devront être relancés.

Sauvegarder un workflow

La sauvegarde en base de données est permanente et indépendante du stockage local. Elle permet de retrouver un workflow après une réinstallation ou de le charger sur une autre session.

Sauvegarder l'onglet actif

Le workflow de l'onglet actif est sauvegardé en base avec son nom d'onglet comme identifiant. Si un workflow du même nom existe déjà, il est mis à jour. Un identifiant numérique est attribué à chaque enregistrement et affiché en confirmation.

Sauvegarder sous un nouveau nom

Ouvre une fenêtre de saisie pour attribuer un nom distinct à l'enregistrement. Utile pour créer des variantes d'un même workflow sans écraser la version précédente.

Sauvegarder le projet complet

Sauvegarde tous les onglets ouverts d'un coup sous un nom de projet commun. Chaque onglet est enregistré séparément en base avec le préfixe du projet pour permettre un rechargement groupé. Cette option est recommandée lorsque plusieurs workflows d'un même projet de recherche doivent être conservés ensemble.

Charger un workflow

Affiche la liste de tous les workflows sauvegardés en base de données, avec leur nom, leur date de dernière modification et le nombre de nœuds. Un clic sur un workflow le charge dans l'onglet actif s'il est vide, ou dans un nouvel onglet si l'onglet actif contient déjà un workflow.

L'option Charger le projet regroupe les workflows par préfixe de projet et recharge l'ensemble des onglets d'un projet en une seule opération.

Figure 2 : Fenêtre de chargement listant les workflows sauvegardés en base de données.

Exporter et partager au format .isofind

Le format .isofind est le format natif d'échange de workflows IsoFind. Il permet d'exporter un workflow ou un projet complet dans un fichier autonome, de le partager avec d'autres utilisateurs IsoFind, et de le réimporter intégralement.

Structure du format

Un fichier .isofind est un fichier JSON structuré contenant les champs suivants :

Exporter un fichier .isofind

Si plusieurs onglets sont ouverts, une fenêtre propose d'inclure uniquement l'onglet actif ou tous les onglets dans le fichier exporté. Le fichier est nommé automatiquement avec un horodatage (workflow_YYYY-MM-DD.isofind) et téléchargé localement.

Importer un fichier .isofind

Le fichier est lu et son intégrité est vérifiée avant tout chargement. Si le hash SHA-256 du corps ne correspond pas au champ integrity, un avertissement signale que le fichier a été modifié depuis son export. L'utilisateur peut choisir de continuer ou d'annuler l'import. Si le fichier contient plusieurs onglets, ils sont recréés dans l'ordre, le premier étant activé.

Exporter le canvas en image

Exporte une capture du canvas actif. L'export est produit au format PNG haute résolution. Dans le cas contraire, un export SVG vectoriel est généré en fallback. Le fichier est nommé automatiquement avec un horodatage.

Principe général d'un workflow valide

Un workflow Nexus est un graphe orienté : les nœuds sont les cartes, les arêtes sont les connexions fléchées entre elles. Le moteur de calcul parcourt ce graphe dans le sens des flèches, de la source vers la cible, en propageant les valeurs isotopiques et les incertitudes à travers chaque processus.

Pour qu'un workflow soit exécutable, il doit respecter une structure minimale obligatoire et plusieurs conditions de cohérence.

Structure minimale obligatoire

Conditions de cohérence vérifiées à la validation

Au-delà de la structure minimale, le moteur vérifie les points suivants avant d'autoriser l'exécution :

Tous les nœuds du workflow doivent être connectés. Un nœud sans connexion entrante ni sortante est considéré isolé et génère un avertissement de validation. Les flèches doivent partir de la source vers la cible (ou en sens inverse) dans le sens logique du processus géochimique. Le même élément isotopique doit être cohérent sur l'ensemble des cartes de signature du workflow. Si une carte de conditions est présente, elle doit être connectée à au moins un processus pour que ses valeurs soient prises en compte dans les calculs de fractionnement et de spéciation.

Graphiques cinétiques et de Rayleigh

Après exécution d'un workflow contenant des processus de type Rayleigh ou cinétique, le Nexus génère des graphiques de visualisation des courbes de fractionnement. Ces graphiques sont accessibles depuis le panneau de résultats ou directement sur la carte d'analyse après calcul.

Graphique de Rayleigh

Le graphique de Rayleigh représente l'évolution de la composition isotopique en fonction de la fraction réagie f, pour trois courbes simultanées :

La courbe du réservoir résiduel montre l'évolution de δ dans la phase source à mesure que la réaction avance. La courbe du produit instantané représente la composition du produit formé à chaque instant, décalée du facteur ε par rapport au réservoir. La courbe du produit cumulé intègre l'ensemble du produit formé depuis le début de la réaction, qui converge vers la valeur initiale du réservoir lorsque f tend vers 1 (bilan de masse total).

Figure 3 : Graphique de Rayleigh avec les courbes du réservoir résiduel, du produit instantané et du produit cumulé en fonction de la fraction réagie.

La valeur δ observée dans l'échantillon analysé est représentée par un point sur le graphique. Sa position par rapport aux trois courbes permet d'estimer la fraction réagie compatible avec la signature mesurée, et d'évaluer si l'échantillon correspond à un produit instantané, un produit cumulé, ou un réservoir résiduel à un stade donné de la réaction.

Graphique cinétique

Pour les processus cinétiques (évaporation rapide, diffusion, précipitation hors équilibre), le graphique affiche l'évolution de δ en fonction du temps ou du degré d'avancement, avec le coefficient cinétique α distinct du coefficient d'équilibre thermodynamique. La différence entre la courbe d'équilibre et la courbe cinétique est explicitement tracée, ce qui permet de visualiser l'amplitude de l'écart dû aux effets cinétiques dans les conditions définies par la carte de conditions.

Vérification du bilan de masse

Sur les deux types de graphiques, le Nexus affiche un indicateur de bilan de masse. À tout instant de la réaction, la somme des contributions du réservoir résiduel et du produit formé doit reconstituer la valeur isotopique initiale. Tout écart significatif par rapport à ce bilan indique une incohérence dans les paramètres (valeur δ initiale incompatible avec ε et f, ou phase suivie mal définie). Le bilan de masse est affiché numériquement sous les graphiques avec un code couleur vert/rouge selon qu'il est respecté ou non.

Propagation des incertitudes

Le Nexus propage les incertitudes analytiques à travers chaque étape du workflow. L'incertitude sur δ de la signature initiale est combinée à l'incertitude sur ε du processus selon les règles de propagation standard. La valeur δ prédite en sortie de workflow est donc accompagnée d'une incertitude calculée qui tient compte de l'ensemble des sources d'erreur cumulées à chaque processus. Cette incertitude propagée est affichée sur les graphiques sous forme d'enveloppe grisée autour des courbes, et numériquement dans le tableau de résultats.

Exécuter et valider un workflow

Valider

La validation vérifie la cohérence structurelle du workflow avant tout calcul : présence d'au moins une signature initiale, d'au moins un processus géochimique connecté, et d'une carte d'analyse. Elle détecte également les nœuds isolés sans connexion. Les erreurs et avertissements sont listés dans le panneau d'outils. Un workflow invalide ne peut pas être soumis au moteur de calcul.

Exécuter

Lance le calcul complet sur le workflow de l'onglet actif. Le moteur parcourt les nœuds dans l'ordre des connexions, applique les modèles de fractionnement, interroge la contextualisation ML si disponible, et affiche les résultats dans le panneau d'analyses. L'exécution peut aussi être déclenchée depuis le bouton Exécuter de la barre d'outils du canvas.

Historique des modifications

Affiche la liste des états successifs du workflow actif conservés en mémoire depuis l'ouverture de la session. Chaque état est horodaté. Un clic sur un état restaure le workflow dans cette configuration, ce qui permet de revenir à un point antérieur au-delà des simples annulations (Ctrl+Z).